Noch ehe im Laufe des hohen Mittelalters ringsum die Steinburgen entstanden, siedelten schon in Schwarzensee freie Bauern, die unabhängig von einer Herrschaft waren. Sie errichteten im 12. Jh. eine eigene Kirche, geweiht dem hl. Ägidius. Später kam die Verehrung des hl. Stephanus dazu.
Manche dieser Freibauern verkauften ihren Hof und ordneten sich so einer Herrschaft unter, andere wiederum
wurden ritterliche Dienstleute oder Stadtbürger. Bedeutend wurde Wolfhard von Schwarzensee, der 1391/1392 in Wiener Neustadt eine gotische Lichtsäule, die »Spinnerin am Kreuz«, errichten ließ (heute: Walter von der Vogelweide-Park).
Die Kirche zum hl. Ägidius ist ein im Kern romanischer Saalbau mit barockem Chor, Sakristei und Dachreiter. Die Einrichtung stammt aus dem 18. und 20. Jh. Die seelsorgliche Betreuung erfolgt von Maria Raisenmarkt aus.
Einzigartig in Niederösterreich ist der noch immer am Ägiditag (1. Sept.) geübte Brauch der Eisenopfer. Dabei wird während der Wallfahrtsmesse der Altartisch mit alten Votivgaben in Form von geschmiedeten Tierfiguren
geschmückt. So sollen Haustiere vor Seuchen und Krankheiten geschützt werden. Neu entstand der Brauch des Stephanus-Ritts. Seit 2014 findet alljährlich am 26. Dezember eine Pferdewallfahrt mit Segnung der Tiere statt.